Die Theologische Fakultät in Göttingen gehört durch profilierte Besetzung der Hauptdisziplinen und eine Reihe von Spezialprofessuren zu den forschungsintensivsten Einrichtungen ihrer Art in Deutschland. Diese Stellung ist nicht zuletzt in der engen Kooperation mit der Akademie der Wissenschaften und anderen außeruniversitären Institutionen im In- und Ausland begründet. Sie wird durch Graduiertenkollegs und andere Formen der Graduiertenausbildung weiter gestärkt.

Aus den Forschungsaktivitäten ergeben sich zwei Schwerpunkte:

Der erste Schwerpunkt liegt im Bereich der historischen Disziplinen (Bibelwissenschaften und Kirchengeschichte). Neben den Kommentar- und Buchprojekten der Lehrstuhlinhaber sind hier aus Drittmitteln finanzierte Forschungsprojekte zu nennen, die von forschungsorientierten Unternehmungen der Graduiertenausbildung flankiert werden: das Septuaginta-Unternehmen (Edition des griechischen Alten Testaments), das Qumran-Institut (Erarbeitung eines Lexikons, das den Wortschatz der nichtbiblischen Texte vom Toten Meer erschließt), Scripta Antiquitatis Posterioris ad Ethicam REligionemque pertinentia (SAPERE, Edition und Kommentierung bisher kaum beachteter Texte der römischen Kaiserzeit zu Ethik, Religion und Philosophie), Patristische Kommission (Editionen von christlichen Autoren der Spätantike), Centrum Orbis Orientalis und Zentrum für Mittelalter- und Frühneuzeitforschung; im Bereich der Graduiertenausbildung das Graduiertenkolleg GK 896 "Götterbilder – Gottesbilder – Weltbilder. Polytheismus und Monotheismus in der Welt der Antike", das Network Old Testament Seminary: Epistemologies and Methodologies (OTSEM zusammen mit den Fakultäten in Aarhus, Helsinki, Lund und Oslo).

Der zweite Schwerpunkt liegt im Bereich der Systematik (Dogmatik und Ethik), Praktischen Theologie und Religionswissenschaft. Hier werden die Fragen, die sich angesichts der modernen „Organisationsgesellschaft‘ für die Präsenz von Glaubensüberzeugungen in sozialen, vor allem intermediären Institutionen, in (neu-)religiösen Bewegungen und in christlich geprägten Organisationen ergeben, mittels historischer, diskursanalytischer und empirischer Methodik untersucht. Folgende Forschungsprojekte und -kooperationen sind zu nennen, die aus Drittmitteln unterschiedlicher Art (mit-)finanziert werden: Das DFG-Projekt "Ethik und Organisation: Zu weltanschaulich-konfessionellen Bedingungen und kommunikativen Strukturen ethischer Entscheidungen in klinischen Ethik-Komitees"; das BMGS-Forschungsprojekt "Patient als Partner – Tumorpatienten und ihr Mitwirken bei ethischen Entscheidungen"; FEST-Forschergruppe "Arbeit am Lebensbegriff"; Empirische und theoretische Forschung zur Kirchenmitgliedschaft im Bereich der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD); Empirische Unterrichtsforschung, z.T. im Rahmen des Zentrums für Unterrichts- und Schulforschung (ZeUS) "Lernende Lehrerbildung" (Stifterverband für die Deutsche Wissenschaft); Forschungsverbund Neue Religiöse Bewegungen. Viele dieser Projekte werden künftig im Forschungsverbund "Glaube – Ethik – Organisation" vernetzt werden. Die forschungsorientierte Graduiertenausbildung wird z.B. durch das Graduiertenkolleg 1507 "Expertenkulturen des 12. bis 16. Jahrhunderts" unterstützt. Auswirkungen auf die Forschung in diesem Schwerpunkt erfolgen auch durch den Weiterbildungsstudiengang "Theologie und Leitung" (MA).