Genomanalyse (10 C, 7 SWS) [B.Bio.117]

Lernziele und Kompetenzen: Die Studierenden lernen grundlegende Methoden der Genomanalyse kennen. Nach erfolgreicher Teilnahme an diesem Modul verfügen sie über Grundkenntnisse in den Bereichen Genomsequenzierung, Funktion und Struktur von Genomen und Algorithmen zur bioinformatischen Genomanalyse. Im praktischen Teil des Moduls erwerben die Studierenden Grundkenntnisse des Betriebssystems LINUX bzw. UNIX und der Programmiersprache PERL bzw. einer vergleichbaren Sprache. Sie sind in der Lage, einfache Programme zu entwerfen und zu implementieren, um grundlegende Aufgaben der Datenverarbeitung selbständig in einer UNIX/LINUX-Umgebung zu lösen.

Lehrveranstaltungen und Prüfungen
1. Praktikum: LINUX und PERL für Biologen (4 SWS)
2. Vorlesung mit Übung: Genomanalyse (3 SWS)

Modulprüfung: mündliche Prüfung (ca. 30 Minuten)
Prüfungsvorleistungen: Teilnahme am Praktikum mit abschließendem schriftlichem Test (unbenotet)
Prüfungsanforderungen: Grundlegende Methoden der Genomanalyse, insbesondere Genomassemblierung, Sequenzalignment, und grundlegende Algorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume auf der Grundlage von Genomsequenzen.

Arbeitsaufwand
140 h Präsenzzeit
160 h Selbststudium

Zugangsvoraussetzungen
BSc Bio: mindestens 40 C aus dem ersten Studienabschnitt

Empfohlene Vorkenntnisse

Bemerkung
Für die Vorlesung werden grundlegende Programmierkenntnisse (wie beispielsweise aus dem Praktikum)
erwartet, weshalb der LINUX/PERL-Kurs vor der Vorlesung absolviert werden sollte.

Wiederholbarkeit
zweimalig

Angebotshäufigkeit
Praktikum jedes Wintersemester;
Vorlesung jedes Sommersemester

Empfohlenes Fachsemester
3 - 6

Dauer
2 Semester

Sprache
Deutsch

Maximale Studierendenzahl
10

Modulkoordinator/in
Prof. Dr. Burkhard Morgenstern