Erste Studie zur genomischen Vorhersage mit vollständigen Sequenzdaten in PLoS Genetics veröffentlicht

Mitglieder der Arbeitsgruppe haben einen Artikel in der aktuellen Ausgabe von PLoS Genetics veröffentlicht (Ober et al. 2012). Dieser Artikel ist der erste, der vollständige Sequenzdaten zur genomischen Vorhersage benutzt. Dazu wurden zwei verschiedene Merkmale des Modell-Organismus Drosophila melanogaster betrachtet, und die genomische Vorhersage wurde unter Verwendung von mehr als 2.5 Millionen SNPs von 157 sequenzierten Inzuchtlinien des “Drosophila Genetics Reference Panels” durchgeführt. Dieser Panel wurde kürzlich als neue Gemeinschafts-Ressource für genetischen Forschung veröffentlicht (Mackay et al. 2012). Wichtige Ergebnisse sind, (i) dass die genomische Vorhersage mit Sequenzdaten effizient mit einem genomischen BLUP-Ansatz implementiert werden kann, (ii) dass keine Steigerung der Vorhersagegenauigkeit erzielt wird, wenn die Anzahl der SNPs 150,000 überschreitet, und (iii) dass weder implizite noch explizite Selektion von Markern die Vorhersagegenauigkeit verbessert.

Der vollständige Artikel ist hier verfügbar:
http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1002685